Les avantages de la spectrométrie de masse sont :
l’accès (dans une situation de concurrence) à des analyses importantes : les médicaments (dont les immunosuppresseurs et les antirétroviraux), les drogues, les stéroïdes et la vitamine D, les maladies héréditaires du métabolisme, etc. ;
cette technologie devrait également être indispensable à certaines études cliniques ;
en dehors de la biologie clinique humaine, elle pourrait se révéler un atout dans le domaine de la biologie vétérinaire, de l’agroalimentaire et de l’environnement.
Ses inconvénients sont :
son coût, car elle nécessite un budget d’équipement important.
Il n’existe pas de systèmes polyvalents, comme nous l’avons vu :

en amont de l’affichage du résultat, la chaîne analytique peut varier en fonction de la molécule étudiée (GC-ou LC-MS, type d’ionisation, travail en faible pression ou à
pression  atmosphérique, analyse de masse en temps de vol ou en champ électrique oscillant, SM ou SM en tandem). Son exécution doit être confiée à des techniciens haute-
ment spécialisés.