1. Couplage à la chromatographie gazeuse
Il y a séparation de molécules vaporisées par effet thermique
et entraînées par un gaz neutre pour être dirigées sur un MS
ou un MS/MS.
La préparation des échantillons est une opération lourde.

2. Couplage à la chromatographie liquide
(ou à l’électrophorèse capillaire)
En sortie de colonne analytique, l’ionisation est assurée par
des systèmes ESI ou APCI.
Ces techniques présentent un énorme potentiel ; les ions ne
sont pas des fragments moléculaires ; l’efficacité d’ionisation
est molécule-dépendante ; il y a un risque de transfert de
charge entre composés.

3. Electrophorèse bidimensionnelle sur gel

L’électrophorèse bidimensionnelle sur gel est le principal outil permettant de séparer des milliers de protéines (c’est l’analyse protéomique). Les protéines contenues dans l’échantillon biologique sont séparées d’abord par isoélectrofocalisation en fonction de leur point isoélectrique, puis par électrophorèse dénaturante en gel de polyacrylamide (PAGE-SDS) en fonction de leur masse. Les spots d’intérêt sont découpés des gels,
puis traités par une protéase. La masse des peptides est obtenue par MS de type ESI ou MALDI-TOF. Mais, cette technique ne convient pas aux protéines faiblement exprimées, aux protéines très hydrophobes, ni aux protéines membranaires.