Les analyseurs de masse
a) Les analyseurs à temps de vol (TOF = time of flight)

L’application d’un champ électrique fait que la distance parcourue par un ion jusqu’au détecteur (temps de vol) dépend du rapport m/z (les ions légers frappent le détecteur avant les ions lourds).
b) Les analyseurs utilisant un champ électrique oscillant :
les analyseurs à filtre quadripolaire : systèmes assurant la sélection des ions ayant un  rapport m/z déterminé, qui peuvent parvenir au détecteur sans être déchargés au
contact des barres du quadripôle.
les analyseurs à pièges à ions ou à trappe à ions. Dans ces systèmes, les champs électriques assurent le confinement dans l’analyseur, des ions de différents rapports m/z ; le spectre est obtenu en expulsant ces ions en fonction du rapport m/z.

Spectrométrie de masse en tandem
La spectrométrie de masse en tandem (MS/MS) combine en général deux analyseurs. Les ions formés dans la source entrent dans le premier analyseur MS1, d’où seuls les ions
ayant un rapport m/z déterminé pourront sortir. Dans une cellule de collision, ces ions sélectionnés sont dissociés en ions fragments qui seront analysés dans le second analyseur MS2.
Les équipements les plus souvent rencontrés dans les laboratoires sont des triples quadripôles.
La MS/MS offre trois avantages majeurs :
capacité à étudier de nombreuses molécules appartenant ou non à la même famille structurale ;
capacité à mettre en évidence des métabolites spécifiques d’une maladie ;
automatisation offrant la possibilité de grandes séries d’analyses.